PDF
最も汎用性の高い、電子上の文書に関するファイルフォーマット。iTune経由で転送すればiPadの（ほぼ）標準アプリ「iBook」でも閲覧可能。

EPUB
米国の電子書籍標準化団体IDPFが推進するXMLベースのオープン規格。北米ではデファクトスタンダードとなっている。iTune経由で転送すればiPadの（ほぼ）標準アプリ「iBook」でも閲覧可能。

xmdf
シャープが開発した携帯電子書籍リーダー用のフォーマット。大手出版社21社が参加する「電子文庫パブリ」などで利用されている。専用リーダーとして 「ブンコビューア」が無料で公開。

.book
株式会社ボイジャーによって開発された電子書籍フォーマット。縦書きやル
ビをサポートしており、文芸作品などの電子化に利用されている。ボイジャーが運営するオンラインストア「理想書店」で利用されている。

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iPhone iPad　アプリ
電子書籍をアプリケーションとしてi Tune storeで販売。決まったフォーマットはなく独自の機能を追加できる。村上龍の「歌うクジラ」など、1冊の書籍をアプリ化したものから、ビュアーとストアが一体化したアプリまでさまざま。


番外編として以下、kindle用のファイル形式。


AZW
アマゾン・キンドル用の電子書籍フォーマット。


これらのうち、個人で作ることができるのはPDF、EPUB、そしてiPhone/iPadアプリ。
xmdfと.bookは主に出版社用のファイル形式で、既刊の本を電子化する際に使われるフォーマットとなる。